阜新蒙古族自治县历史悠久，据出土文物考证，早在7600年前就有人类在此生息繁衍。但由于地处边塞地区，只有少数年代归中原王朝直辖，多数年代是少数民族割据政权的管辖地。西周和东周春秋时期，有山戎、东胡人活动于此。东周战国时期，今县境属燕国境，介于辽西、辽东两郡之间。秦代，秦初县境分属辽东、辽西郡、燕长城以北为东胡辖地。秦二世二年(公元前208年)，今县境属饲奴地。西汉初期，属匈奴地，元鼎四年(公元前119年)为汉属塞地。东汉时期，属幽州刺史部，后属东部鲜卑辖地。三国时期，属鲜卑柯比能部辖地。西晋时期，属鲜卑慕容部。东晋十六国时先后为前燕、前秦、后燕、北燕等几个更替的割据政权占据。南北朝时期，今县境属契丹辖地。隋代，今县境北部属契丹辖地，南部属隋王朝燕郡。唐代，今县境北部属契丹辖地，南部属唐河北道北部的营州。贞观二十二年(公元648年)唐朝在契丹驻牧地区设置松漠都督府，今县境北部为其所辖，南部仍属营州。辽代，今县境属辽国上京道辖。金代，今县境南部小部分地区归东京路广宁府辖。北部属懿州管辖。元代顺元年(公元1330年)，今县境南部属广宁府路，其余地区属辽阳行省辽阳路。明洪武二十六年(公元1393年)，在懿州置广宁后屯卫，隶辽东都指挥使司、辖今县境大部。正统，景泰年间，蒙古兀良哈三卫(朵颜卫、福余卫、泰宁卫)受鞑粗侵逼南移，今县境属泰宁卫辖地，隶属努儿干都指挥史司。清崇德二年(公元1637年)在今县境内设置土默特左翼旗，后隶属卓索图盟。乾隆三年(1738年)，设塔子沟厅(治所今凌源)。乾隆三十九年(1774年)，由塔子沟厅析置三座塔厅(治所今朝阳)，并于鄂尔土板(今内蒙古奈曼旗青龙山乡境内)设巡检门，管理土默特左翼旗的汉民事务。乾隆四十三年(1778年)改三座塔厅为朝阳县，土默特左旗的汉民事务朝阳县管理。光绪二十九年(公元1903年)由朝阳县析置阜新县，县衙设在原鄂尔土板巡检衙门。以“物阜民丰，焕然一新”语意， 取“阜新”二字为县名。土默特左翼旗与阜新县并存，实行蒙汉分治。光绪三十年(1904年)，朝阳县升为朝阳府，阜新县隶属朝阳府。宜统三年(1911年)县治移至水泉(今城区街道办事处)，民国初期仍延续清末建置。1933年，日本侵略阜新，日伪当局于1940年1月日由阜新县境划出新邱、长营子、米家窑、海州、孙家湾和阜新镇等地置阜新市。同时，废除蒙汉双重行政体制，去县存旗， 旗驻地由王府迁至阜新镇。旗仍隶属伪锦州省。抗日战争胜利后，中国共产党领导的阜新县政府于1945年9月成立。驻今城区街道办事处。1946年3月，阜新县政府改为阜新县土默特左旗联合政府(简称阜土联合政府)驻平安地。1946年4月21日，阜新县与彰武县合并，成立阜彰土苏(阜新县、彰武县、土默特左旗、苏鲁克旗)联合政府驻哈尔套，隶辽西(后改辽吉)省。1947年1月，改隶辽北省。是年9月，撤销阜彰土苏联合政府，恢复阜土联合政府，仍隶辽北省。1948年3月，在北票、阜新、义县边境地区成立北阜义县土中左旗联合政府，隶属冀热辽办事处，今县境蜘蛛山、伊吗图、佛寺、卧风沟、王府、红帽子、七家子等地为其所辖。1949年5月，撤销此县级行政建制。

 民国35年(1946年)1月，国民党占据阜新市区和阜新县部分地区，成立阜新市、县政府。1947年7月，国民党将阜新市和阜新县合并为阜新县、县旗并存。阜新县驻地由阜新镇迁至海州，土默特左旗驻今城区街道办事处。旗、县均隶属于热河省。

  1948年3月18日，阜新全境解放，国民党阜新县、土默特左旗政权垮台。阜土联合政府移至阜新镇，隶辽北省，1949年4月21日，辽北省与辽西省合并为辽西省，阜土联合政府隶辽西省。是年5月9日，阜土联合政府改称为阜新县政府，8月9日，又改称为阜新县人民政府。

  1949年10月1日新中国成立后，阜新县隶属辽西省。1954年6月19日，辽东、辽西两省合并为辽宁省，阜新县隶辽宁省。1956年2月8日，经国务院批准，辽宁省设置4个专区，阜新县属锦州专区管辖。1957年10月18日，国务院全体会议第58次会议批准辽宁省人民委员会关于撤销阜新县、设置阜新蒙古族自治县的报告。1958的4月7日正式成立阜新蒙古族自治县。1959年1月5日，实行市管县体制，阜新蒙古族自治县划归阜新市领导。